申请日本留学签证需要具备两套证明文件，即申请者本人和保证人各自准备一套有关证明。
申请者本人应当出具的证明主要有：
（1）留学申请书，一式2份，详细写明前往日本学习的目的和所选择的学科；
（2）个人履历，一式2份，写明本人从小学、中学或大学以及参加工作至今的情况；
（3）誓约书，由大使馆提供，本人照样抄写2份，最后由本人签名或盖章；
（4）日本入境签证申请表，每人填写两份；
（5）亲属关系表，由日本大使馆或领事馆提供；
（6）近期照片2张，必须和护照上的照片一致；
（7）申请人和保证人如果是亲戚关系，还需要办理亲属关系公证书一份；
（8）申请人最终毕业学校的学历证明。
日本保证人应该准备的证明主要有：有关学校发给的“入学许可”一式2份；身份保证书，一式2份；纳税证明，一式2份（年薪应在400万日元以上的纳税者）。
这里需要说明的是，如果申请人已经取得了“在留资格认定证明书”，在向日本驻华大使馆或领事馆申请签证时，手续就比较简便，可以免除日方保证人所要提交的一套材料。只需要另外附上“入学许可书”，填写“签证申请表”、“亲属关系表”，并书写两份留学理由书、个人经历书、誓约书等，就可以得到入境签证。
有的日语专科学校为解决留学生在日本无亲友不能找到保证人的问题，校方愿意为申请入学者充当保证人，条件是必须交付一笔保证金，毕业后再如数退还。
如上所述，办理赴日留学签证有两种程序可循。一是凭有关入学许可和保证手续向日本驻华大使馆或领事馆申请；二是凭留学生居留资格证明，向日本驻华大使馆或领事馆申请。如果采取前一种程序，日本驻华大使馆或领事馆受理申请后，无权发给入境签证，尚需将材料报到法务省，再由法务省会同文部省一道审核，包括录取学校情况和保证人情况。因此，所花费时间较长，一般要等待3个月左右。而采用后一种程序，因为入境留学申请的居留资格已经得到法务省的确认，所以日本驻华大使馆或领事馆可以直接发给入境签证。一般递交有关证明手续后，几天内便可以取得签证。
